深圳出租车被投诉后，交通主管部门会进行调查，对问题进行核实，并根据情况给予相应的处理措施。具体的处理措施可能包括：

1.口头警告：对驾驶员进行口头提醒和警告，要求其改正错误，不再犯同样的错误。

2.书面警告：对驾驶员进行书面警告，要求其改正错误，不再犯同样的错误。

3.罚款：对于违规行为，交通主管部门可以根据相关法律规定对驾驶员进行罚款。

4.停运整顿：对于严重违规的出租车，可以进行停运整顿，要求其在规定期限内进行整改，直到达到规定标准后才能重新上路行驶。

5.吊销营运许可证：对于多次违规的出租车或者严重违规的情况下，交通主管部门可以吊销其营运许可证，对该车辆进行强制报废。

总之，交通主管部门会根据情况采取不同的处理措施，以保障乘客的安全、权益和合法权益。